El gobierno de Colombia, bajo el liderazgo de Álvaro Uribe, comenzó a negociar una desmovilización de los paramilitares a finales de 2002 cuando se declaró un cese al fuego unilateral. Un acuerdo oficial fue alcanzado en 2003. Las AUC debían desmovilizar sus tropas para finales de 2005. El castigo por otros crímenes fue reducido a un máximo de ocho años. Para recibir estos beneficios, el grupo debe haberse desmovilizado, liberado a las víctimas secuestradas, proporcionado información sobre activos adquiridos ilegalmente y cesar la actividad paramilitar. Las leyes sobre el enjuiciamiento y la sentencia de miembros de grupos armados ilegales que participaron en los procesos de desmovilización fueron escritas en la Ley de Justicia y Paz de 2005.

El interés internacional creció drásticamente debido al acuerdo de paz entre el gobierno de Santos y las FARC. Las negociaciones comenzaron en 2012 y un tratado fue firmado oficialmente en La Habana, Cuba en 2016. El acuerdo recibió una atención internacional significativa ya que marcó el fin formal del conflicto en curso más largo en el hemisferio occidental. Los acuerdos de paz de 2016 fueron también algunos de los marcos de justicia transicional más innovadores, robustos y ambiciosos hasta la fecha.
Los acuerdos incluyeron planes para el desarrollo rural integral, un plan para la participación política, controles para el cultivo y tráfico de drogas ilícitas y el tratamiento de las víctimas. Este último punto incluyó cinco componentes: Comisión para el Esclarecimiento de la Verdad, la Convivencia y la No Repetición; Unidad especial para la búsqueda de personas desaparecidas en el contexto de y debido al conflicto armado; Jurisdicción Especial para la Paz; Medidas de reparación integral para la construcción de paz y garantías de no repetición.

Parte de las negociaciones con las FARC incluyó la representación política. Como una insurgencia rebelde formada sobre la base de una ideología política, esto fue un motivador poderoso para que las FARC vinieran a la mesa de negociación. Su incentivo para cumplir con el acuerdo de paz tiene un elemento de rendición de cuentas pública. El acuerdo que alcanzaron les proporcionó diez escaños en el gobierno nacional por dos periodos (de 2018-2022, 2022-2026), punto después del cual participarían en elecciones generales.